Los primeros asentamientos en la zona datan de la época de dominación romana, con el establecimiento de las primeras vías de comunicación en el territorio.

La Villa fue fundada en el año 1657, por voluntad del rey Felipe IV, en el mismo sitio que sirvió de señorío a las Monjas Bernardas de San Andrés de Arroyo.

Ya anteriormente, en tiempos de Fernado III, sin existir poblado alguno, tanto las aguas del río como los terrenos que pertencieron al patrimonio real, se ortorgaron al convento de las monjas de San Andrés para que éstas tuvieran señorío y vasallaje. Fue así como en un pequeño recodo del río, aprovechando las aguas del Pisuerga, edifican en el término de Alar un molino, un batán y una pequeña casita, edificios que con el tiempo y la llegada de nuevos adelantos en el mundo de las comunicaciones, se incrementarán y harán que surja la nueva población de Alar.

Motivo de este progresivo incremento fue la apertura al tráfico del Canal de Castilla y, años más tarde, ya en plena mitad del siglo XIX, la elección de Alar del Rey como punto de arranque de una de las primeras líneas férreas que circularon en España, nos referimos al ferrocarril de Isabel II, más tarde conocido como de Alar a Santander.

La construcción y el posterior mantenimiento de la vía férrea contribuyen al incremento de población que Alar experimenta en esos años. Comienza entonces un desarrollo industrial que tiene su esplendor a finales del siglo XIX y principios del XX con la aparición de varias industrias galleteras.