Municipio de enorme importancia en tiempos de la reconquista, en los que la villa era ciudad fronteriza. Fue merecedora de privilegios por su participación en la conquista de Baeza en el año 1227, ratificados después por Alfonso XI durante la lucha en la batalla del Salado, y que perdió Carlos I al posicionarse en el bando comunero.

Su situación como vía romana hacia Cantabria dejó numerosos vestigios artísticos en Cervera de Pisuerga (casonas, escudos, monumentos, plazas).

Primitivamente se llamaba Cervaria, por los muchos ciervos que poblaban sus bosques. En el siglo IX es repoblada por dos monjes lebanienses y anexionada a uno de sus monasterios. Como ciudad fronteriza, es defendida por las fortalezas de Vallejera, Peña Barrio, Peñas Negras y El Castillo. Señorío de los Condes de Siruela durante varios siglos y antigua cabeza de la merindad del Condado de Pernía, es en la actualidad cabecera de Partido Judicial.